研究方向：
（一）血管外科临床
  动脉外科：难治性慢性下肢动脉缺血，多节段动脉狭窄（闭塞）的发生率，多平面旁路术的术式设计与疗效评估。
  静脉外科：慢性下肢静脉功能不全的诊断与治疗，深静脉瓣膜重建术的临床应用与远期疗效。
（二）基础研究
  移植血管再狭窄发生机理与防治；
  生物-人工复合血管的研制；
  纳米技术在血管外科领域中的应用研究；
  慢性下肢动脉缺血基因治疗实验研究。
  20世纪80年代，在国内首先开展大剂量下肢静脉顺行造影，辅以Valsalva试验诊断下肢深静脉瓣膜功能不全，设计并倡用股静脉壁环形缩窄术予以治疗，提出"相对性下肢深静脉瓣膜功能不全"的概念，先后开展上述四方面的基础研究，在国内血管外科，静脉外科及基础研究处于领先地位。

科研项目及成果：
    自学科建立以来，共获立项课题24项，其中国家自然科学基金资助5项，国家八五攻关课题一项，863子课题一项，上海市科委课题多项。目前在研课题：863子课题，上海市科委，教委，博士点基金课题各一项。
    已完成的课题，鉴定成果11项，获奖成果10项，包括卫生部、国家教委、国家中医药管理局及上海市科技进步奖。
    参与编写专著18册，其中主编2册；担任全国高等医药院校规划教材第5、第6版《外科学》编写；全国高等医药院校研究生统一教材第1、第2版编写。已发表专业论文200余篇。

专著目录：
1. 《解剖学》  第三、九章  孙建昆主编  上海外语出版社  1983年。
2. 《周围血管疼痛X线诊断及治疗》  徐增伯 张柏根 顾小平  上海科技出版社  1989年。
3. 《临床理论与实践》  第二章  普通外科 周围血管疾病  孙克武主编  上海科学普及出版社  1994年。
4. 《临床诊断学》  第5篇第12章  朱明德主编  上海科技出版社 1994年。
5. 《老年病防治手册》  外科疾病的特点：外科疾病  张达荣主编  同济大学出版社 1989年。
6. 《中西医结合实用周围血管病学》  总论第9，15，17~21章，各论第1，2章  尚德俊主编 张柏根副主编  南海出版公司 1995年。
7. 《现代创伤学》   第三十九章 血管创伤  黎鳌主编  人民卫生出版社。
8. 《手术创伤与意外》   第692~703页  谭毓铨主编  吉林科技出版社。
9. 《血管外科手术图谱》   第13章  下肢血管手术 第11，12节  石美鑫主编  山东科技出版社  1997年。
10. 《外科学》   全国高等医药院校统一教材第5版  第10章 围手术期处理，第48章 腹主动脉病和肢体动脉瘤，第49章 周围血管和淋巴疾病   人民卫生出版社  2001年。
11. 《外科治疗常规》   第一章第十五节 周围血管疾病   上海市卫生局、中华医学会上海分会主编  上海科技出版社  1999年。
12. 兰锡纯、冯卓荣《心脏血管外科学》  第80、83、92、93、105章  第二版 北京  人民卫生出版社，2002。
13. 闵志廉、何长民《器官移植并发症》第21章   上海：上海科技教育出版社，2002。
14. 裘法祖主编《外科学前沿与争论》  全国高等医药院校教材（供研究生用）  人民卫生出版社 2003. 第22章第四节 P469—479。
15. 吴在德、吴肇汉主编《外科学》  全国高等学校教材  人民卫生出版社  2003  6版  第五章 周围血管和淋巴管疾病  P624—649。
16. 全国继续医学教育委员会主编《普通外科学进展（第2辑）》  长春出版社  2001年
                张柏根、梁卫   慢性下肢缺血性疾病的诊断和治疗  P257—267
                张皓   急性肢体动脉缺血与缺血再灌注损伤  P268--277 
17. 《外科学》   全国高等医药院校统一教材第6版  第50章 周围血管和淋巴管疾病 p624-649  人民卫生出版社  2003年。
18. 尚德俊 王嘉桔 张柏根主编 《周围血管病学》   人民卫生出版社 北京 2004年第一版。

近期论文：
1. 张柏根,张纪蔚.Encircled suturing treatment femoral venous incompetency,J Shanghai Second Medical University1995;9:21
2. 张柏根,钱虎声.Pathologic Chang of muscle in venous incompetence of  lower limbs. ,J Shanghai Second Medical University1995;9:77
3. 张柏根,钱虎声.急性下肢动脉缺血局部溶栓治疗.普外临床1995;10:149
4. 张柏根,钱虎声等.血管外科基础研究进展.1995年国内外医学进展1995;44
5. 张柏根,钱虎声,邝耀麟.实验性自体静脉移植平滑肌细胞增殖周期动力学研究.中华外科杂志.1996;34(7):405
6. 张柏根.慢性下肢动脉缺血治疗的现状和展望.血管外科通讯1997;试刊:49
7. 张柏根,张皓.慢性下肢动脉缺血性疾病面临的问题及发展趋势.中国实用外科杂志1998;18(9):518
8. 张柏根,施娅雪.慢性下肢动脉缺血的基因治疗.中国实用外科杂志1998;18(5):300
9. 张柏根.我国血管外科发展现状及趋势.中华外科杂志1998;36(1):3-5
10. 张柏根.血管外科的现状与思考.中国实用外科杂志1999;19(1):12-13
11. 张柏根.我国血管外科面临的形势和任务.中华医学杂志1999;79(1):5-6
12. 张柏根.新技术在血管外科应用中的展望.外科理论与实践2001;6(5):267-268
13. 张柏根.下肢深静脉血栓形成的治疗及其思考.中华外科杂志2001；39（11）：823-824
14. 张柏根.新技术在血管外科应用中的展望.外科理论与实践2001；6（5）：267-268
15. 张柏根.血管外科新进展.辽宁医学杂志2002；16（1）：1-2
16. 张柏根,薛冠华.深静脉血栓形成的病因及高危因素.中国实用外科杂志2003；23（4）：197-200
17. 张柏根 .下肢深静脉瓣膜功能不全的解剖与生理特点.中国现代手术学杂志2003；7（2）：159-160
18. 张柏根.下肢深静脉瓣膜功能不全的诊断进展.中国现代手术学杂志2003；7（2）：86-88
19. 张柏根.下肢深静脉瓣膜功能不全的治疗进展.中国现代手术学杂志2003；7（2）：88-90
20. 张柏根.慢性下肢静脉功能不全的诊治进展.中华普通外科杂志2003；18（9）：517-518
21. 张柏根.下肢动脉粥样硬化闭塞症的临床分型与旁路转流术.外科理论与实践2004；9（1）：3-5
22. 张柏根.下肢动脉粥样硬化闭塞症临床类型与术式选择.中国实用外科杂志2004；24（4）：243-244

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