研究方向：
    消化系肿瘤发生的分子机制、早期诊断和分子治疗；慢性肝病的诊治。特别是在表观遗传修饰与肿瘤的关系方面有突出的研究成果。
一. 阐明了消化系肿瘤发生、发展中叶酸、DNA甲基化、组蛋白乙酰化与肿瘤相关基因表达变化和细胞周期的关系------我们首次对常见的消化系肿瘤的发生发展中表观遗传改变做较系统的研究。尤其是关于叶酸在其中的作用，是许多国外学者兴趣所在。该仍在继续的系列研究，对于进一步明确人消化系肿瘤发生的分子机理、找寻早期诊断的标志物和化学干预及基因治疗的新方法，具有重要意义和临床价值。另外，有关Dnmt1在甲基化形成中的作用，现国外学术界基本认为其仅具有维持甲基化作用，个别学者则认为其在体外尚具有从头甲基化（de novo methylation）功能，但缺乏可靠的实验依据。我们最近实验结果促使我们继续深入研究，有望澄清事实和得到令人振奋的结论。
二. 首次对病毒感染与表观遗传修饰的变化做过的系统的研究。同时鉴于表观遗传修饰在AIDS发生中的复杂调控现象，我们认识到，由化学干预或基因治疗而影响表观遗传修饰和基因表达乃至阻断AIDS发生发展并非可行。
相关研究结果发表在美国的J Virology上，中华微生物免疫学杂志还为我的论著加了编者按予以高度评价。许多国外著名学者引用了我们的实验结果。这是在美国NIH的研究。
三. 证明了肼苯哒嗪在PKC-水平抑制ERK-MAPK信号转导和DNA甲基化，参与激活T淋巴细胞功能的理论。信号转导和表观遗传修饰的关系是我们将来研究的方向之一。

近几年承担或参加的课题：
1. 原发性肝癌DNA甲基化和癌基因的变化。国家自然科学基金（批准号：39470292）。95年1月至97年12月，项目执笔申请者和部分负责人，经费7万元。
2. 胃癌发生中DNA甲基化和细胞内维生素的关系。国家自然科学基金（批准号：39370332）。1994年1月至1995年12月，主要参加者，经费4.4万元。
3. 人胃癌发生中癌相关基因甲基化紊乱的研究。国家自然科学基金（批准号：30170413）。2002年1月至2004年12月，申请者和承担人，经费18万元。
4. 胃癌发生中黏膜组织叶酸及其受体和代谢相关酶与DNA甲基化。国家自然科学基金（批准号：30470781）。2005年1月至2005年12月，申请者和承担人，经费8万元。
5. 针对胃癌生物学特性的三类肿瘤基因表达芯片的研制。863重大专项子项目.子课题负责人(批准号：2002AA2Z2001)。2003年7月至2004年12月。24万元。
6. 肿瘤发病的表观遗传学机制的研究。上海市科委2004年重大项目《生长发育及疾病发生过程中基因表达的表观遗传调控》(批准号：Grant No. 04DZ14006)子课题。子课题承担人和申请者。2004年7月至2007年7月。 56.25万元。
7. 胃癌、结肠癌和肝癌甲基化改变的系列研究。高等学校全国优秀博士学位论文作者专项资金（批准号：199946）。2000年1月至2004年12月。申请者和承担人。经费30万元。
8. 人结肠癌甲基化和乙酰化改变及对策研究。上海市教委“曙光计划”课题。2003年1月至2004年12月。申请者和承担人，12万元。

科研成果：
    SCI收录论文全文20篇（其中第一作者15篇）。另以第一作者或通讯作者身份发表中文论著近50篇、述评6篇、综述13篇、专论2篇，主编专著2部（其中1部《表型遗传修饰与肿瘤》系国内首部有关表观遗传的专著）。曾获上海市科技进步三等奖和卫生部科技进步三等奖各2项。第一作者论文还获1996年上海国际胃肠病学会议优秀论文一等奖、1997年上海市消化年会优秀论文一等奖、全国首届消化病学术周优秀中青年论文奖、02年第二届中青年消化病会议优秀论文二等奖。还获施思明基金奖、强生医学奖、明治乳业生命科学奖、97年上海二医大优秀青年教师、1999年上海市高校优秀青年教师；96-98年连续三年和01-04年仁济医院优秀科研工作者。 1999年获首届全国优秀博士学位论文奖及相应的研究基金。2002年上海市教委“曙光学者”。2003年上海二医大学科骨干师资。本人2003年10月在我国 The First International Synposium on Frontiers of Biomedical Sciences “Epigenetics in Development and Disease” 大会上做了题为“Epigenetic modification regulates expression of tumor-associated genes and cell cycle in human colon cancer cell lines:Colo-320 and SW1116”的报告。

在国际杂志上发表的主要的英文论文（SCI收录论文全文）：

1. Fang JY, Mikovits JA, Bagni R, Petrow-Sadowski CL, Ruscetti FW. Infection of lymphoid cells by integration-defective human immunodeficiency virus type 1 increases de novo methylation. J Virol.,2001;75(20):9753-61 （美国）
2. Flynn J,Fang JY, Mikovits JA, Reich NO. A potent cell-active allosteric inhibitor of murine DNA cytosine C5 methyltransferase. J Biol Chem., 2003; 278(10): 8238- 8243 （美国）
3. Fang JY, Lu R, Mikovits JA, Cheng ZH, Zhu HY, Chen YX,Lu LG. Recombinant DNA methyltransferase 1 constructs regulate expression of hMSH2 and hMLH1 in human colon cancer cell line SW1116. J Gastroenterol, 2005; (in press)(Corresponding author) （日本）
4. Fang JY. Histone deacetylase inhibitors, anticancerous mechanism and therapy for GI cancers. J Gastroenterol Hepatol, 2004;(in press)(Corresponding author) （澳大利亚）
5. Fang JY and Richardson BC.(2005) The MAPK signaling pathways and human colorectal cancer. J Clin Oncol, (Corresponding author) （IN PRESS）（美国）
6. Fang JY, Chen YX, Lu J, Lu R, Yang L, Zhu HY, Gu WQ, Lu LG. Epigenetic modification regulates expression of tumor-associated genes and cell cycle in human colon cancer cell lines Colo-320 and SW1116. Cell Res.2004;13(3):217-226 (Corresponding author)
7. Fang JY and Xiao SD. Effect of trans-retinoic acid and folic acid on apoptosis in human gastric cancer cell lines MKN-45 and MKN-28. J Gastroenterol. 1998;33(5):656-661 (Corresponding author) （日本）
8. Fang JY, Chen YX, Lu J. Epigenetic modification regulates expression of tumor- associated genes and cell cycle in human colon cancer cell lines Colo-320 and SW1116. World J Gastroenterol,2003;9(9):1976-1980 (Corresponding author)
9. Shen LL, Fang JY, Qiu DK, Zhang TF, Yang J, Chen SS, Xiao SD. Correlation between DNA methylation and pathological changes in human hepatocellular carcinoma. Hepato-Gastroenterol.1998;45(23): 1753- 1759 （希腊）
10. Fang JY, Yang L, Zhu HY, Chen YX, Lu J, Lu R, Cheng ZH, Xiao SD.5-aza-2’-deoxycitydine induces demethylation and up-regulate transcription of p16INK4A gene in human gastric cancer cell lines.Chin Med J, 2004; 117(1):34-38 (Corresponding author)
11. Fang JY, Ouyang E,Wu CH,Wu GY,Qiu D,Xiao SD. Transfection and expression of HCV-NS5B gene in Huh-7 cells. Chin Med J，2000;113(7):602-5 (Corresponding author)
12. Fang JY, Zhu SS, Xiao SD, Jiang SJ, Shi Y, Chen XY, Zhou XM, and Qian LF. Studies on the hypomethylation of c-myc, c-Ha-ras oncogenes and histopathological changes in human gastric carcinoma. J Gastroenterol Hepatol, 1996;11(11):1079-82  (Corresponding author) （澳大利亚）
13. Fang JY, Xiao SD, Zhu SS. Studies on relationship of the plasma folic acid and the status of DNA methylation in human gastric cancer. J Gastroenterol，1997;32(2): 171-175 (Corresponding author) （日本）
14. Fang JY, Zhu SS, Xiao SD, Shi Y, Jiang SJ, Zhou YM, and Qian LF.  Alterations of level of total genomic DNA methylation and pattern of c-myc,c-Ha-ras oncogene methylation in human gastric carcinogenesis. Chin Med J, 1996;109(10):787-91 (Corresponding author)
15. Fang JY, and Xiao SD. Alteration of DNA methylation in gastrointestinal carcinogenesis. J Gastroenterol Hepatol, 2001;16(9):960-8 (Corresponding author) （澳大利亚）
16. Fang JY, Lu YY. Effects of histone acetylation and DNA methylation on p21WAF1 regulation. World J Gastroenterol, 2002;8(3):410-5 (Corresponding author)
17. Fang JY, Xiao SD. Folic acid, polymorphism of methyl-group metabolism genes and DNA methylation: GI carcinogenesis. J Gastroenterology, 2003;38(9): 821-9 (Corresponding author) （日本）
18. Fang JY, Cheng ZH, Chen YX, Lu R, Zhu HY. Expression of Dnmt1, demethylase, MeCP2 and methylation of tumor-related genes in human gastric cancer. World J Gastroenterol, 2004;10(23):3394-8 (Corresponding author)
19. Chen YX, Fang JY, Zhu HY, Lu R, Cheng ZH, Qiu DK. Histone acetylation regulates p21(WAF1) expression in human colon cancer cell lines.  World J Gastroenterol. 2004;10(18):2643-6 (Corresponding author)

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